Smapifyの仕様上、一度紐づいた商品は削除が必要となります。
例：Shopfy商品Aとスマレジ商品Aの接続を解除し、Shopfy商品Bとスマレジ商品Aを接続する
Smapifyインストール時Shopifyでバーコード重複が発生していた場合、Smapifyでは先に作成されたShopify商品が接続されます。
その場合、以下のような状態となります。
Smapifyの画面上で両プラットフォーム側に商品が存在する＝接続中となります。
実際にスマレジと連携したかった商品については上記のように接続をが行われていない形となります。
その場合、以下の内容をご対応いただく必要があります。
Shopifyで接続を解除したい商品を削除する
商品データを残す必要などがある場合、複製（バーコードは空白）にて対応してください。
削除が完了すると以下のように接続が行われている状態となります。